L’hôpital a été créé en 1899. Depuis 1956, l’hôpital porte le nom de Habib Thameur hommage au rôle important de ce personnage dans l’indépendance de la Tunisie .
En 1993 ,il est devenu un établissement public de santé et plusieurs missions lui ont été dévolues dans le cadre de son activité entre autres offrir des soins de qualité ,garantir une bonne formation et réaliser des recherches médicales .